《麻醉2》捷運爆炸是劇中開場最重要戲碼，這場戲是劇中三位主角首度交會，黃健瑋飾演的蕭政勳醫師自海外返國，卻遇爆炸事件，他與李國毅飾演的熊森在現場搶救傷患，而飾演記者Zoe的孟耿如被炸傷，卻挺身在現場錄影採訪。此外，主角許瑋甯本季升格為副院長，她在義大酒店拍攝的大型宴會戲碼，也出動超過50人拍攝；許瑋甯難得脫下醫師袍、著高雅晚宴服登場。
孟耿如表示，沈柔伊Zoe是個很勇敢的女記者，她形容：「自己都被炸傷了，居然也沒想逃，還想挖到更多內容，對她想調查的事一定要做到，就是這樣的一個人，滿特別的！」拍攝時，孟耿如還認真跟導演討論：「這地方都炸了，她還不逃嗎？搞不好爆第二次欸！」劇組在她手臂畫上高度擬真、凹凸不平的劃傷血痕，連她自己看了都害怕，想快點去醫院治療，她拍給媽媽看，「媽媽說她心裡還揪了一下。」
捷運爆炸以電影規格拍攝與後製，製作人曾瀚賢表示，耗資超過4百萬、出動80人團隊，桃園捷運也出動站務員支援，現場臨演超過30人飾捷運站內民眾與傷患，也請到協助電影《美人魚》的儲榢逸團隊負責特效化妝，站體建築毀壞的大型石塊、散落物是曾協拍《少年pi的奇幻旅程》陳新發負責特殊材質道具。
